La apertura del curso académico 1868-69, ya estaba anunciada, cuando una fuerte sacudida política, la Revolución de septiembre, que destronó la monarquía reinante desde hacía siglo y medio, cerró por el momento las puertas próximas ya a abrirse del referido curso.
La reforma del 21 de octubre de 1868 y plan de estudios de 25 de octubre del mismo año, siendo ministro de Fomento don Manuel Ruiz Zorrilla, tendría vigencia hasta el curso de 1973-75. Se estableció en dichas fechas previa derogación de la de 9 de octubre de 1866 que había decretado el ministro anterior don Manuel Osorio. La nueva ley daría a los Estudios de Bachillerato tal orientación, que prestigiaría a los centros de enseñanza media.
Nuestro Intituto, tuvo que adaptarse a tales circunstancias y por su parte, el ya entonces director don Vicente Boix, en el curso inaugural hizo objetivas referencias a las ventajas que la nueva legislación docente aportaba: «La nueva idea, profundamente radical, consecuente consigo misma, derrumbó y aventó los obstáculos que se oponían a su desenvolvimiento, fijándose desde luego en la enseñanza, tan limitada por la anterior legislación. Al reglamentarismo de una centralización, mezquinamente suspicaz, sucedió la más completa libertad, en armonía con las demás libertades políticas. La enseñanza iba a sufrir una modificación, tan profunda en su modo de ser, que no era posible encontrar en la historia literaria de la escuela española un período que pudiera servir de semejanza o de comparación.»
Con estas variaciones que acababa de apuntar el señor Boix, coincidieron otras relativas a facilitar la realización de aquéllas y entre las que destacan adquisiciones apropiadas para impartir dignamente la enseñanza. A este respecto, vimos como la preocupación constante del director don José Gandía, era alcanzar los espaciosos locales del Colegio de San Pablo y que hasta los momentos históricos a los que nos estamos refiriendo, no pudieron lograrse, pues como diría luego don Vicente Boix, «Preciso fue recorrer un camino obstruido por serias dificultades y obstáculos de toda clase».
La establecida Junta de Gobierno Revolucionaria de Valencia, entre otras resoluciones por ella dictadas, suprimió el antiguo Colegio de San Pablo, destinando al Instituto de 2ª Enseñanza, el grandioso edificio ocupado por aquél, dotándolo al mismo tiempo con los bienes y rentas propias del Colegio. Tal resolución fue aprobada definitivamente pocos meses después por el Gobierno provisional en Decreto de 9 de febrero de 1869.